Vědci americké výzkumné organizace ARS vyvíjejí nové techniky, aby umožnili rychlou a spolehlivou identifikaci i méně známých kmenů bakterie Escherichia coli, než je kmen O157:H7.

    Potraviny, které jíte každý den, cestují dlouhou cestu z farmy k vidličce, a nebezpečí – ve formě patogenů pocházejících z potravy nebo jiných kontaminantů – číhá podél této cesty a čeká, až se bude moci zachytit a svézt se na listu salátu nebo kousku hovězího nebo kuřecího. Ujištění se, že naše potraviny jsou bezpečné pro konzumaci, je záležitostí nejvyšší důležitosti pro vědce výzkumné organizace ARS (Agricultural Research Service) v celém státě. Výzkum ARS o bezpečnosti potravin je mnohostranný a rozmanitý. Článek se dotýká některých oblastí výzkumu agentury týkajících se Escherichia coli, Salmonella, Campylobacter a chemických reziduí v mase.

Méně známá „Big Six“ E. coli je cílem výzkumu na genovém základě

     Ačkoli E. coli O157:H7 je možná nejznámější z kmenů E. coli, které způsobuje onemocnění pocházející z potravy, jeho méně známí příbuzní jsou předmětem zvýšeného zájmu. Regulátoři bezpečnosti potravin, činovníci v oblasti zdraví veřejnosti a producenti potravin ve Spojených státech a v zahraničí chtějí vědět více o těchto méně studovaných patogenech.

     Proto vědci ARS, jako například Pina M. Fratamico a další výzkumníci ARS, university a spolupracující výzkumníci vyvíjejí nové techniky, aby rychle a spolehlivě identifikovali tyto mikroby. Vědci roztřiďují, co je co mezi těmito příbuznými patogeny tak, že odhalují signální stopy v genetické skladbě mikrobů. P. Fratamico je mikrobioložkou a vedoucí výzkumu výzkumné jednotky ARS – Molecular Characterization of Foodborne Pathogens Research Unit při centru agentury Eastern Regional Research Center ve Wyndmoor ve státě Pennsylvania.

     Tyto na geny zaměřené přístupy pro rychlou, spolehlivou a reprodukovatelnou detekci a identifikaci připravují cestu pro rozbory na vědeckém základě. S další prací by rozbory  mohly být prezentovány jako uživatelsky příznivé testovací kity pro použití regulačními agenturami a dalšími. Výrobci potravin například by mohli být schopni využívat takové kity pro interní kontrolu kvality, zatímco laboratoře pro zdraví veřejnosti by se na ně mohly spoléhat při zpracování vzorků od pacientů hospitalizovaných s chorobami pocházejícími z potravin. Tyto rozbory by mohly být používány také ve výzkumu k vývoji jasnějšího obrazu prevalence těchto mikrobů v potravinách, lidech, zvířatech a prostředí.

     V několika minulých letech se půl tuctu těchto vyskytujících se kmenů Escherichia coli (také zvaných „seroskupiny“) stalo známé mezi specialisty na bezpečnost potravin jako „Big Six“), zejména Escherichia coli O26, O45, O103, O111, O121 a O145.

     Tyto seroskupiny E. coli mohou vytvářet jeden nebo více druhů shigatoxinu – látek, které mohou způsobovat choroby. Vědci vědí, že některé kmeny patřící do těchto šesti seroskupin mají potenciál způsobovat vzplanutí chorob pocházejících z potravin.

     Výzkumníci ARS chtějí také vyvinout laboratorní rozbory na základě PCR (polymerázová řetězová reakce) v testovacích kitech pro rychlé polní použití, tak aby mohli lépe pochopit prevalenci těchto kmenů v potravinách. Navíc chtějí určit, zda způsobují více chorob  než O157, a jestli ano, proč.

     Tyto druhy jsou skutečně nerozeznatelné od dalších kmenů E. coli včetně neškodlivé E. coli, když se používáte konvenční kultivační metody pro pěstování mikrobů v laboratoři.     Velký tým vědců již vyvinul zkoušky PCR na genovém základě pro každý kmen E. coli ze skupiny Big Six. Všechny z těchto zkoušek jsou založeny na unikátních formách dvou genů wzx a wzy, které se vyskytují ve formách specifických podle seroskupin v těchto mikrobech. Zkoušky mohou být uskutečněny s kteroukoli ze tří široce používaných variant PCR – konvenční, reálný čas nebo multiplex. Zkoušky také umožňují detekci dvou genů shigatoxinu stx1 a stx2 tak, že uživatelé mohoui určit, zda tento kmen, který zkoumají, je škodlivý.  

Další informace v: Agricultural Research, vol. 59, 2011, č. 4, s. 8

http://www.nzpk.cz/objednavka-reprograficke-sluzby/