Informace organizace BIOTRIN

Ačkoliv je u řady rostlin již sekvencován kompletní genom a jejich geny identifikovány, funkce mnoha těchto genů zůstává stále neznámá. Tým výzkumníků z japonského RIKEN Center for Sustainable Resource Science vyvinul novou databázi, která pomůže vědcům tyto funkce identifikovat. Celý systém je založen na analýze třídimenzionální struktury proteinů zakódovaných „neznámými“ geny, resp. geny s neznámou funkcí.

Výzkumníci pro svoji databázi využili šesti reprezentativních zástupců rostlin, a to huseníček (Arabidopsis thaliana), sóju (Glycine max), topol (Populus trichocarpa), rýži (Oryza sativa), mech (Physcomitrella patens) a řasu (Cyanidioschyzon merolae). S pomocí těchto rostlin vytvořili počítačový model, který predikuje fyzikálně chemické a strukturální vlastnosti proteinů obsažených v genomu. Tyto vlastnosti byly dále analyzovány s ohledem na funkci proteinů, což následně vedlo k rozpoznání určitých funkčních oblastí v proteinu.

Celkem se podařilo z těchto šesti rostlin identifikovat cca 52.000 funkčních oblastí proteinů, které se staly základem pro novou databázi nazvanou Plant Protein Annotation Suite, zkráceně Plant-PrAs. Tato databáze je nositelem unikátních a obsáhlých informací o rostlinném proteomu, a lze v ní vyhledávat i čerpat (stahovat) potřebná data. Databáze je volně dostupná na internetových stránkách: http://plant-pras.riken.jp/.

Zdroje: http://www.riken.jp/en/research/rikenresearch/highlights/7948/                   http://pcp.oxfordjournals.org/content/56/1/e11

Zdroj:  www.biotrin.cz