Evropský úřad pro bezpečnost potravin (EFSA) poskytl svým partnerům a čtenářům novou tematickou stránku „Sekvenování celého genomu u epidemií z potravin“. Stránka poskytuje klíčové informace a často kladené otázky o tom, jak se údaje o sekvenování celého genomu používají k detekci a hodnocení ohnisek potravinových nákaz. Tato aktivita souvisí s novým prováděcím nařízením (EU) 2025/179, které požaduje, aby členské státy shromažďovaly a předávaly molekulárně analytické údaje při epidemiologických vyšetřováních propuknutí alimentárních onemocnění. Aby úřad EFSA zmíněnou aktivitu podpořil, vytvořil rovněž krátké pokyny a další zdroje, které objasňují funkce systému a řeší jakékoli obavy týkající se používání získaných dat.

Evropská unie má zavedený robustní systém bezpečnosti potravin. Stále však může docházet ke kontaminaci potravin různými mikroorganismy. Molekulární typizace mikrobů, známá také jako mikrobiální „fingerprinting“, je technika používaná k identifikaci konkrétních kmenů mikroorganismů analýzou jejich genetického materiálu. Tato metoda je nezbytná pro různé aplikace, včetně sledování šíření infekčních chorob, identifikaci zdrojů propuknutí onemocnění a pochopení genetické diverzity mikrobiálních populací.

Jednou z nejpokročilejších metod molekulární typizace je „sekvenování celého genomu“ (whole genome sequencing, WGS). Tento přístup umožňuje podrobnou charakterizaci mikrobiálních genomů a pomáhá identifikovat geny, které mohou způsobit onemocnění a které mohou vést k rezistenci na antibiotika. Pomáhá také sledovat, odkud patogeny pocházejí a jak se šíří; a to rekonstrukcí jejich fylogeneze.

Metoda WGS významně zlepšila vědeckou schopnost detekovat shluky infekcí, potvrdit zdroje odpovědné za infekce a porozumět genetickému složení patogenů. Analýzou a porovnáním genomických profilů bakterií z kontaminovaných potravin a infikovaných jedinců mohou vědci identifikovat korelace mezi zdroji infekce a lidskými případy, což poskytuje základ pro účinnější zásahy v oblasti veřejného zdraví.

Komunikační tým úřadu EFSA zve všechny zájemce ke sledování videa, které vysvětluje, jak „systém One Health WGS“ podporuje zjišťování a hodnocení propuknutí alimentárních nákaz a zlepšuje reakce veřejného zdraví v celé EU:

K tématu je možné prozkoumat další uvedené zdroje:

• Tematická stránka: Sekvenování celého genomu u epidemií z potravin
• Video: Jak EU používá sekvenování celého genomu k boji proti epidemiím z potravin
• Tisková zpráva Evropské komise: Přístup OneHealth: sekvenování celého genomu (WGS) při vyšetřování epidemií z potravin
• Prováděcí nařízení (EU) 2025/179

Zdroj: EFSA