Směrnice 89/398/ES je zcela přepracována směrnicí 2009/39/ES, která zahrnuje dosavadní změny a doplňuje  pravomoci Komise a postup projednávání ve výborech.

Směrnice 89/398/EHS o potravinách pro zvláštní výživu byla několikrát podstatně změněna, a tak je z důvodu srozumitelnosti přepracována do směrnice 2009/39/ES.
Je zformulována tak, aby bylo možno dočasně uvést na trh potraviny, které jsou výsledkem technologických inovací a využívají výsledky výzkumu. Z důvodů ochrany zdraví spotřebitele však může být povolení k uvedení na trh uděleno pouze po konzultaci s Evropským úřadem pro bezpečnost potravin.
Znění směrnice umožňuje, aby Komise v případě potřeby přijala doplňující předpisy (v případě potravin pro diabetiky po konzultaci s úřadem EFSA). Opatření technické povahy zpracované ve zvláštních směrnicích přijímá Komise v zájmu zjednodušení a urychlení postupů.
Opatření nezbytná k provedení této směrnice mají být přijímána v souladu s rozhodnutím 1999/468/ES o postupech pro výkon prováděcích pravomocí svěřených Komisi .
Komise je zmocněna k přijetí určitých zvláštních směrnic (ohledně seznamu látek, které se přidávají do potravin pro zvláštní výživu, ohledně kritérií jejich čistoty a případně podmínek, za kterých by se měly používat), které umožní na potravinách pro běžnou spotřebu uvést, že jsou vhodné pro zvláštní výživu. Zvláštní směrnice musí obsahovat i způsob označování běžných potravin, pokud jsou deklarovány jako použitelné pro zvláštní výživu.
Komise má v naléhavém případě ohrožení zdraví možnost změnit seznam látek přidávaných do potravin určených pro zvláštní výživu, kritérií pro jejich čistotu a případně podmínek, za kterých by se měly používat, a příp. přijmout další úpravy směrnice.
 
Ustanovení nově zařazená do této směrnice se týkají pouze postupu projednávání ve výborech. Nevyžadují tudíž provedení v členských státech.
 
Úřední věstník ES, L 124, 20.05.2009, s.21