Označováním potravin obsahujících geneticky modifikované organismy řeší zákon 110/1997 o potravinách, vyhlášky 324/1997 o označování potravin a zákon 153/2000 o nakládání s GMO.

Podle zákona 110/1997 Sb. o potravinách (v platném znění) § 2 písm. c) patří potraviny obsahující GMO nebo potraviny z nich vyrobené (jsou to dvě skupiny, pro něž platí rozdílná ustanovení) mezi potraviny nového typu. Pro tyto potraviny platí podle § 6 odst. 5 písm. c) povinnost uvést, že potravina obsahuje GMO, a to podle zákona 153/2000 Sb. o nakládání s GMO a produkty obsahujícími GMO.
(Prováděcím předpisem k zákonu 153/2000 Sb. je vyhláška 374/2000 Sb.o bližších podmínkách nakládání s geneticky modifikovanými organismy a produkty.)

Podle § 9 odst. 5 písm b) zákona 153/2000 je každý, kdo uvádí geneticky modifikovaný organismus do oběhu povinen zajistit, aby na obalu bylo na viditelném místě uvedeno: „geneticky modifikovaný organismus“ nebo „tento výrobek obsahuje geneticky modifikovaný organismus“.
Pokud potravina byla vyrobena z GMO (už neobsahuje geneticky změněnou DNA) bude se označovat, teprve až tak stanoví zvláštní předpis.
Pro potraviny nového typu dále podle zákona 110/1997 platí, že
– musí být uveden způsob a určení použití v případě, že se potravina odlišuje od běžné,
– musí být uvedena přítomnost látky, kterou běžná potravina neobsahuje a která může mít vliv na zdraví některých skupin spotřebitelů.

Podle § 11 odst. 2 písm.b) bod 4 zákona 110/1997 je podnikatel povinen vyžádat si pro uvádění do oběhu potravin nového typu souhlas MZ ČR. Pro získání souhlasu je nutné, aby předmětný GMO nebo produkt byl zapsán v Seznamu geneticky modifikovaných organismů a produktů schválených pro uvádění do oběhu v ČR“ (v zákonu 153/2000). „Pokud se jedná o potravinu vyrobenou z GMO musí být k žádosti o souhlas přiložen dokument potvrzující, že potravina již neobsahuje GMO, z nichž (nebo pomocí nichž) byla vyrobena.

Vyhláška 324/1997 (v platném znění) § 6a odst. 7 písm. a) řeší označování přídatných látek, které obsahují GMO tak, že označení potraviny se musí hned za názvem doplnit o údaj „geneticky modifikováno“ nebo „obsahuje geneticky modifikovaný organismus“. Případně může být za názvem uvedena hvězdička *, která upozorní, že taková informace je uvedena někde dále. V případě, že potravina obsahuje přídatné látky, které jsou vyrobeny z GMO a již jej neobsahují, a přitom potravina není „rovnocennou potravinou“, musí se ve složení – v závorce bezprostředně za názvem složky (nebo pomocí hvězdičky *) uvést slova „vyrobeno z geneticky modifikované (-ho) …“ následovaná názvem použité suroviny. Velikost písma označení pod seznamem složek musí být stejná nebo větší než velikost písma použitého ve složení potraviny. Rovněž musí být uvedeny charakteristické znaky či vlastnosti, kvůli kterým použitá přídatná látka není rovnocenná dosud používaným přídatným látkám. Dále musí být uvedena informace o přítomnosti látky v přídatné látce, která může ovlivnit zdraví spotřebitelů.

Zpracováno podle zákonů 110/1997 a 153/2000 a vyhlášky 324/1997.