S platností od 1. 1. 2006 byla v EU vydána čtyři nařízení týkající se hygieny u potravin a krmiv, která sjednocují a zahrnují pravidla dosavadních 17 směrnic. Základem je systém kritických bodů a zpřísnění pravidel pro výrobce krmiv.

Od 1. 1. 2006 platí v EU nová ustanovení týkající se hygieny. Čtyřmi předpisy – tzv. „balíčkem pro hygienu potravin“ – bylo nahrazeno 17 dosavadních směrnic s požadavky na hygienu. Nové předpisy se týkají „všeobecné hygieny potravin “ (nařízení 852/2004, OJ L 139 30.4.2004), „hygieny potravin živočišného původu“ (853/2004, OJ L 139 30.4.2004), „úředního dozoru nad produkty živočišného původu určenými pro lidskou spotřebu“ (854/2004, OJ L 139 30.4.2004) a směrnice z r. 2002 „ohledně zdravotních podmínek týkajících se produkce, zpracování, distribuce a dovozu výrobků živočišného původu určených pro lidskou spotřebu“ (směrnice 2002/99, OJ L 18, 23. 1. 2003). Směrnice 2004/41 zrušuje některé směrnice týkající se hygieny a zdravotních podmínek pro výrobu a uvádění na trh některých výrobků živočišného původu určených pro lidskou spotřebu a mění směrnice 89/662, 92/118 a rozhodnutí 95/408 (směrnice 2004/41, OJ L 157 30.4.2004).89/662, 92/118 a rozhodnutí 95/408 (směrnice 2004/41, OJ L 157 30.4.2004).¨

Základem nových hygienických ustanovení je systém kritických kontrolních bodů (HACCP), který již byl v potravinářském sektoru zaveden, ale nikoli v zemědělské prvovýrobě. Agrární sektor může k tomuto účelu využít příp. vypracovat návody pro správnou výrobní praxi, v nichž jsou obsaženy i povinnosti týkající se hygieny potravin. I zemědělské podniky jsou však tlačeny k zavádění principů HACCP. To zahrnuje analýzu potenciálních rizik, určení kritických kontrolních bodů, v nichž lze rizika eliminovat, určení kritických mezních hodnot a způsobů regulace v kritických bodech a stanovení nápravných opatření pro případy závad.
Speciální hygienické předpisy pro krmiva platí v EU také od 1. 1. 2006. Systém HACCP musí zavést rovněž všichni producenti krmiv, aby  se identifikovala všechna místa, v nichž je systematická kontrola kvůli bezpečnosti krmiv nevyhnutelná. Produkční zemědělské podniky jsou sice z povinnosti HACCP vyjmuty, ale musí respektovat pokyny pro správnou výrobní praxi. Novým nařízením zavedená registrační povinnost platí pro všechny podniky vyrábějící a zpracovávající krmiva, tedy i pro produkční zemědělská hospodářství. Zachována zůstává povinnost schvalování produktů pro výrobce, kteří používají některé látky – např. antibiotika.
Zatím se Komisi nepodařilo učinit výrobce krmiv finančně zodpovědné za všechny hospodářské škody vzniklé škodlivými krmivy. Zatímco bruselský úřad by chtěl producenty nutit k ukládání finanční garance k pokrytí  akcí zahrnujících stažení z trhu a příp. související likvidaci krmiv a z nich vyrobených potravin, ze strany Rada ministrů a Parlamentu vyšla jen jedna výzva, a sice aby Komise předložila zprávu o systému finančních záruk, a teprve na základě toho bude rozhodnuto, zda budou pokračovat další legislativní návrhy v tomto směru.
DGS Intern., 2004, Woche 19, s. 2