Na jednání parlamentního výboru se jednalo o pravidlech pro odmítnutí GMO v členských státech v případě, že bylo Komisí vydáno rozhodnutí o schválení určitého GMO.

Na jednání Výboru pro životní prostředí, veřejné zdraví a bezpečnost potravin (Enviroment, Public Health and Food Safety) Evropského parlamentu byl dne 28. 2. 2011 diskutován problém přijímání rozhodnutí Evropské komise ohledně schválení GM-komodit členskými státy. Podle zástupce ředitele DG SANCO (pro zdraví a spotřebitele) nebude Komise akceptovat národní rozhodnutí o nepoužití GMO schválených Komisí na území příslušného státu, pokud budou zdůvodněna environmentálními nebo zdravotními argumenty. Právě tato hlediska jsou prověřována úřadem EFSA. Pokud někdo dodatečně dodá podklady proti již učiněnému rozhodnutí, může EFSA zpracovat dodatek k původnímu stanovisku. Měl by platit princip podřízenosti členských států orgánům EU.

Toto prohlášení mělo mnoho oponentů. Uváděli, že Komise rozhoduje vždy v souladu se stanoviskem vydaným úřadem EFSA, přičemž EFSA posuzuje bezpečnost GMO podle velmi omezených podkladů, které řadu hledisek pomíjejí. Přitom tyto podklady bývají dodávány právě společnostmi žádajícími o schválení. V některých členských státech je značný odpor vůči GMO (např. ve Švédsku 60 % obyvatel), což by mělo být možné zohlednit ve vlastním rozhodnutí členského státu o nepoužití příslušného GMO.

Členské státy by raději viděly pozitivní seznam důvodů, kvůli kterým by členský stát mohl rozhodnout o nepoužití GMO, než negativní seznam důvodů (tzn. environmentální a zdravotní důvody). Zástupce DG SANCO však považuje sestavení takového úplného pozitivního seznamu za vyloučené.

EU Food Law,  2010, č. 475, s. 6-8