Přestože mikroorganismy jako jsou bakterie tvoří jen malé procento vzduchových částic, mají výrazný negativní vliv na zdraví zvířat a zvyšují bakteriální kontaminaci skořápek v halách a voliérách. Vyšší bakteriální kontaminace vzduchu je v korelaci s vyšším počtem bakterií na vaječné skořápce.

Podle odhadu pochází 70-80 % světové produkce vajec z konvenčních klecových chovů nosnic.  Klecové ustájení přináší nízké výrobní náklady a splňuje vysoké standardy hygieny; z hlediska welfare nosnic však toto ustájení neodpovídá a je připraven jeho zákaz. V roce 1999 Evropská komise vydala  směrnici 1999/74 EC, podle níž nesmí být  konvenční klece od roku 2003  budovány  a od roku 2012 budou v EU zcela zakázány. Alternativami konvenčních klecí jsou  obohacené klece a voliéry. Zatímco běžné klece poskytují 450 cm² plochy a 100 mm délky žlabu na nosnici, v obohacených klecích připadá minimálně 750 cm² na nosnici; obohacené klece  jsou vybaveny snáškovými hnízdy, prachovou koupelí a poskytují 15 cm žlabu na nosnici. Voliérové systémy jsou vybaveny buď  zaroštovanými rampami umístěnými  v různé výšce nebo hřady, plochou s podestýlkou a snáškovými hnízdy. Během přechodného období od roku 2003 do roku 2012 se využitelná plocha v konvečních klecích zvýší ze 450 na 550 cm². 
Alternativní systémy byly již zhodnoceny jak z komerčního hlediska, tak i z hlediska užitkovosti a welfare zvířat, ale  málo pozornosti bylo věnováno kontaminaci vaječné skořápky.
Bakteriemi umístěnými na povrchu vajec může být kontaminován i vnitřní obsah vajec. Uvádí se, že vysoká vlhkost výkalů může zvýšit mikrobiální kontaminaci skořápek a následně se zvyšuje i riziko mikrobiální kontaminace vnitřního obsahu  vajec.
Ze srovnání bakteriální kontaminace vajec od nosnic chovaných na podestýlce a na  drátěné podlaze se zjišťuje, že vejce z podestýlky mají  20-30krát více aerobních bakterií na skořápce než vejce z drátěné podlahy. Podle některých odborných prací byla koncentrace prachu ve vzduchu nejnižší v klecích a 4-5krát vyšší v ostatních systémech chovu. Významnými zdroji prachu jsou obiloviny, sláma, peří, výkaly a půda.
Studie provedená v Belgii srovnávala bakteriální kontaminaci vaječné skořápky z běžných klecových chovů, obohacených klecí a voliérového ustájení.
Br. Poult. Sci., 46, 2005, č. 2, s. 149-155