Směrnice 2002/46 o doplňcích stravy nabývající účinnosti od 1. 8. 2005 vyvolala protesty výrobců, protože příloha obsahuje pouze seznam určitých forem vitaminů a minerálních látek. Platnost směrnice byla Evropským soudem potvrzena.

Úřad FSA ve Velké Británii byl v souvislosti se směrnicí 2002/46/ES o doplňcích stravy

zavalen asi 500 stížnostmi výrobců doplňků stravy, kteří se obávali, že od nabytí účinnosti směrnice 1. 8. 2005 bude muset být mnoho doplňků staženo z trhu. Jádrem problému je pozitivní seznam forem vitaminů a minerálních látek (v příloze směrnice), které mohou být v doplňcích stravy použity. Tyto stížnosti byly předány úřadu EFSA a věci se nakonec ujal Evropský soudní dvůr (ECJ = European Court of Justis). Ten v červenci 2005 rozhodl, že směrnice o doplňcích stravy 2002/46/ES je platná, a podpořil existenci pozitivního seznamu vitaminů a minerálních látek (nikoli zavedení negativního seznamu). Směrnice vymezuje vitaminy a minerálie, vyráběny za použití chemických látek, zatímco aminokyseliny, esenciální mastné kyseliny, vláknina, rostlinné a bylinné extrakty zůstavají v kompetenci národních institucí.

Kromě toho platí výjimka, že látky, které dosud neměly pozitivní vědecký posudek, mohou být členskými státy notifikovány do prosince 2009.

EU Food Law, 2005, č. 219, s. 5–6