Manipulace s jatečným tělem při škubání umožňuje únik kontaminovaných výkalů. Testují se postupy snižování kontaminace jako je oplachování nebo zacpávání kloaky před škubáním peří.

Jedním z patogenu žijících na potravinách je kampylobakter, který může  způsobit mírné až silné průjmy  a horečky u lidí a může se projevit i druhotnými neurologickými problémy známými pod označením Guillain-Barré syndrom.
Kampylobakter se běžně vyskytuje ve střevním traktu prasat, skotu a drůbeže. Může  se vyskytovat i v zařízeních pro převoz drůbeže do  zpracovatelského podniku.
Mytí transportních klecí vodou  a desinfekčními prostředky redukuje hladinu kampylobakterů u drůbeže, ale postup není zcela spolehlivý a mikroorganismy úplně  nelikviduje.
Ve výzkumném centru v Athénách (Georgia, USA) hodnotili vliv transportních přepravek a škubání peří z jatečného těla na kontaminaci brojlerů a jejich jatečných těl.
Vysoušení přepravních klecí po dobu 48 hodiny podstatně snížilo výskyt kampylobaktera. Z ekonomického a provozního hlediska to však není vhodný postup. Jako  vhodnější se ukazuje  změna  konstrukce přepravních  klecí tak, aby se usnadnilo jejich čištění.
Studie ukázala, že zpracováním brojlerů se snižuje množství kampylobakterů na jatečném těle, ale při škubání peří se jejich počet zvyšuje. Zvýšení je způsobeno únikem vysoce kontaminovaných výkalů z kloaky  při škubání peří.
Agric. Res., 54, 2006, č. 2, s. 10