Větší zdravotní riziko z hlediska virových a bakteriálních onemocnění (především kampylobakter a listerie) znamenají podle stanoviska úřadu EFSA slepice a vejce z volného chovu. Je nutno přijmout vhodná opatření.

Podle stanoviska úřadu EFSA ze začátku března 2005 znamenají slepice z volného chovu větší zdravotní riziko – jsou více vystaveny riziku virových (např. ptačí chřipka) a bakteriálních onemocnění (např. Campylobacter) – než slepice z klecového chovu. Slepice z volného chovu jsou také více zatíženy parazity intestinálního traktu.

Na druhé straně je u klecově chovaných slepic větší pravděpodobnost rozšíření nemocí vzhledem k velké hustotě a podmínkám.

Bakteriální kontaminace je nejvyšší na vaječných skořápkách od slepic z volného chovu a kontaminace skořápek od slepic z obohacených klecí je vyššší než z konvenčních klecí. V obdobné relaci je i kontaminace salmonelou.

U vajec od slepic z volného chovu se doporučuje mytí vajec kvůli většímu znečistění.

Musí být přijata určitá opatření k minimalizaci onemocnění zvláště u volného chovu slepic. U klecově chovaných slepic má mírné zvětšení klecí (nad šířku 12 až 15 cm/kus) jen malý vliv na zlepšení kvality chovu. Přínosem už je větší volnost, kterou mají slepice v klecích o objemu nad 750 cm²/kus.

Diskutována je i terminologie použitá pro různé způsoby chovu ve směrnici 1999/74 ES.

EU Food Law, 2005, č. 203, s. 12-13