Probiotické potraviny získaly během posledního desetiletí na oblibě. Jako nosiče probiotických kultur se používá široký sortiment potravin, např. fermentované mléčné výrobky, sýr, mražený krém, fermentované masné výrobky, ovocné šťávy, cereální tyčinky, kojenecká výživa. Výběr vhodného probiotického kmene se provádí na základě jeho schopnosti vykazovat zdravotní prospěch, ale i z hlediska možných zdravotních rizik pro spotřebitele.

Při posuzování bezpečnosti se obvykle provádí skríning genů (přenositelné) antibiotické rezistence, nežádoucích metabolických aktivit a sbírají se důkazy o “historii bezpečného použití”. Jakmile je určitý kmen schválen, musí se stanovit, zda analytické metody, které se běžně používají k verifikaci mikrobiologické bezpečnosti přísad a konečných výrobků, lze také použít pro nový výrobek. U probiotických výrobků platí, že konečný výrobek obsahuje běžně asi 10⁷ cfu/g (jednotek probiotického mikroorganismu tvořících kolonie), zatímco přísady mohou obsahovat více než 5 x 10¹¹ cfu/g. Velké zastoupení prospěšných mikroorganismů tak může maskovat nežádoucí mikroorganismy (kontaminanty).

V Nestlé Research Centre (Švýcarsko) se zabývali detekcí salmonely v probiotických výrobcích. Za tímto účelem uměle kontaminovali kojeneckou výživu salmonelou, přičemž výživa pro testy byla vyrobena s různými typy probiotických bakterií.

Zjistilo se, že výtěžnost salmonely byla obecně velmi špatná, pokud se použila při procesu předběžného obohacování BPW (peptonová voda pufrovaná). Přídavkem antimikrobiálních sloučenin pro selektivní potlačení růstu nebo metabolické aktivity probiotických bakterií a ke zvýšení pufrovací kapacity bujónu v předběžném obohacování se tomuto problému zamezilo. Doporučuje se, aby se na tyto analytické problémy bral ohled již při vývoji nových probiotických výrobků.